Según los argumentos históricos, con integrantes de los indios Tamas, se fundó lo que hoy es Naranjal, fueron ellos una rama de la familia lingüística TUKANO, que tenía en Colombia tres grandes agrupaciones: la del norte, al sur del alto Meta y el Manacacías; la del oriente en los límites del Brasil en el alto Apoporis, y la del occidente que comprende innumerables tribus del alto Caquetá y Putumayo.
El 22 de diciembre de 1696, es fundado Naranjal por orden del capitán Pedro Jovel Losada, quien dejó encargado al misionero Fray Francisco Romero, como comisario y prelado de los indios Tamas. En 1697 el 5 de diciembre, es nombrado el cacique Marcos Calderón, para que gobierne oficialmente su tribu en Naranjal, acto oficiado por los misioneros españoles y don Pascual Ramos, Gobernador de los Tamas.
Este acontecimiento realizado en Naranjal se considera como su fundación oficial:
En sitio de Naranjal, jurisdicción de la villa de Timaná, en dicho día, mes y año Fray Francisco Romero, misionero apostólico, prefecto general y comisario de su majestad de la misión de los indios Tamas, hizo llamar a los indios de nación Tame que había en dicho sitio y comparación ante mí los siguientes: Miguel y su mujer Antonia y sus hijos; Antonio con su mujer y seis hijos; Simón, Francisco, Gabriel, Juan y Jacinto con su mujer y sus hijos; Gregorio con doce hijos; Pascual con su mujer y dos hijos, María, Lázaro, margarita con dos hijos; Jacinta, Juan, María, Nicolás con su mujer; Lázaro con su mujer y dos hijos, y habiéndoseles hecho saber que en virtud de orden de su majestad mandaba al gobernador de este Reino que se poblasen y fuesen doctrinados por los padres de la misión del cargo de dicho reverendo, padre comisario a que respondieran todos los que estaban prontos, pero que había deseo que el dicho sitio del Naranjal donde todos los puntos estaban connaturalizados y donde tenían sus rocerías y ganados y también poseían sus eras, montes, sabanas y aguas para su manutención, los cuales oídos digo así: de parte mía, como la de dicho reverendo padre comisario, que esas tierras eran de la santa iglesia pastoral de dicha villa y que tenía otro vínculo más seguro para alumbrar el santísimo sacramento y protegerse en las necesidades de lo necesario, a lo que respondieron los indios que se obligaban en sus personas y bienes a cumplir y pagar el rédito y que en ningún tiempo por sus protectores ni apoderados pedirían que los revelasen de dicha obligación si no fuese asegurado en bastante forma el derecho de la iglesia, y con lo respondido se pasó a dar cuenta al Licenciado Esteban Mejía de Toro, cura vicario y juez Eclesiástico de dicha villa y su jurisdicción, quien compareció ante mí y dijo: que no se contentaba con que los indios se les obligase sino que había de guardar obligada la dicha misión lo cual en forma de derecho ha de hacer escritura el muy reverendo padre nuestro Fray Francisco Romero como comisario y prelado de ella y que sólo que se libre de dicha obligación cundo su majestad deba mantenerla en su culto y que de no ser así pueden ser despojados los indios de dichas tierras; lo cual se hizo saber así al dicho padre nuestro Comisario como a los indios.
Su paternidad, muy reverenda, por su parte respondió y dijo: que conocía el derecho de la iglesia y que no podía ser perjudicado y más cuando es notoria su suma pobreza.
Por lo cual estaba pronto a hacer la obligación en la manera que le podía el dicho señor vicario; y por su parte respondieron los indios: que mientras su majestad nos recompensare las dichas tierras, que obligaban a pagar el rédito de ellas y que cuando hubiesen de tributar, suplicarían se diese la recompensa y que no siendo equivalente en los tiempos venideros, se conforman con que sean despojados de dichas tierras, y que se reintegren a la iglesia según y cómo los gozaba. Con lo cual se conformarán el dicho señor vicario, y el reverendo padre Comisario y los indios.
En virtud de ello, se les hizo saber a los indios, que luego que fuesen poblados habían de ser obligados, sin paga alguna , cuatro veces al año a limpiar las calles a saber: para el día de corpus, del patrón San Calixto, de la del señor San Pedro y semana Santa y así mismo pagar de su trabajo a las obras de la iglesia y bien de la República y asimismo para estas solemnidades referidas debían acudir al pueblo como lo ejercitan otros de la corona, lo cual oído por ellos dijeron lo aceptaban y lo aceptaron y porque en las facultades de capitular y cesando capitularon:
Lo primero: que se le hiciera contar los privilegios y franquezas que el Rey Nuestro Señor concede a los nuevos pobladores atentos a ser personas sacadas de Tierra de infieles y haber recibido de buena voluntad el santo bautismo.
Lo segundo: Que el pueblo que fundasen había de ser encomendados atento a que se facilitaría más la reducción de los infieles , y que gozase dicho pueblo de todos los privilegios que gozan los otros de la real corona.
Lo tercero: que atento a que son nuevos pobladores, y que tienen que fabricar iglesias y sus casas, no se les molesta con tributos, dinero ni otros hechos hasta que se cumpla el tiempo que su majestad le concede, que comienza desde la fecha de éste.
Lo cuarto : Que han de ser siempre doctrinados por los padres de la religión del señor San Agustín que enviase su Majestad de España o viniesen de estas partes atento a que esta religión es la que ha poblado y a quien encargó su Majestad la doctrina y enseñanza de dicha nación.
Lo quinto: Que por cuanto en la jurisdicción de esta villa son comunes las hostilidades de los indios enemigos de nación Andaquí y que están cercados de ellos, se obligan a todas las funciones con sus personas, concediéndoseles las mismas capitulaciones que hicieron los indios Coyaimas y Natagaimas de que no debían ser obligados a cargar sobre sus hombros ni otras pensiones de minas, alhajas por indios Coyaimas y Natagaimas de que han de sacar un tanto para que se los hagan guardar.
Lo sexto: Que atento a saber usar las bocas de fuego, que tanto temen los Andaquíes, se la ha de dispensar de vivir en su pueblo sin hombres blancos de buenos procederes con la condición de que han de usar sus bocas de fuego para guarda y escolta de los misioneros, atento a la frecuencia que tienen a dar guerra a esta jurisdicción los indios Andaquíes; como se reconoció este presente año, pues el mes de febrero salieron al sitio de Garzón, donde manifiestos los daños que efectuaron y se temen sean mayores por haber ido a rechazarlos, y atento a que al presente se hallan en dichas tierras, don Miguel de Triana y don Pedro Carvajal, personas de buenos procederes suplicaban que ellos ni sus hijos fuesen despojados de ellas, porque antes los ayudaban y ofrecieron su casa a los padres misioneros y una ermita para celebrar su Santo Sacrificio de la misa la cual ha de servir de iglesia y que no ha de servir de ejemplar a otros porque queda a la luz que lo prohíbe con su vigor y su fuerza, y todas las capitulaciones oídas por mí, el presente alcalde ordinario, visto que eran en alivio de dichos indios, el cual encarga siempre su Majestad y que de no concederles no se conseguiría con la paz, la nueva población de ellos y así mismo conociendo que conseguiría la conversión de los indios de dicha nación, de requerimiento de dicho reverendo padres comisario y usando de la amplia facultad que el gobierno superior da a cualquiera de las justicias de la jurisdicción de dicho gobierno para todo cuanto conduce al alivio y manutención de dicha misión y a la que el decreto me concede en nombre de su Majestad en supremo y real Consejo de Indias y a la Real Audiencia de este reino o al gobierno superior de él, en virtud de lo dicho, debajo del mismo requerimiento, nombré el dicho sitio del Naranjal y erigí un pueblo de su Majestad; titulándole a petición de los indios el pueblo de la Santísima Trinidad y en el de las leyes recopiladas, nombré por gobernador de él a contentamiento de los padres misioneros, a Pascual Ramos y por alcalde ordinario a Simón Rojas y por regidor a Miguel Rojas y por su parte nombró el dicho reverendo padre maestro comisario por fiscal de la iglesia a Antonio Ventura de Rojas, todos los indios ladinos y de buenas costumbres, a quienes di posesión del sitio en nombre de su Majestad y quienes la tomaron en nombre de los demás indios arrancando hierbas, sentándose en ellas, paseando la tierra y ejecutando lo demás que el derecho pide y la tomaron actual, corporalmente, de por sí y sin contradicción alguna y luego incontinente en nombre de su Majestad en cumplimiento de las órdenes del gobierno superior así presentados y obedecidos, hice la entrega de los indios que allí comparecieron sus mujeres e hijos, al muy reverendo padres maestro Fray Francisco Romero, Comisario por su Majestad de la Misión, para que los doctrinase y poblase, según su Majestad mandará, quien le dio el nombre de la misión de su cargo por entregado de ello con voluntad de los indios y quien pidió nuevamente se copiase en el libro corriente del cabildo este despacho y la cláusula del que presentó el gobierno superior, para que en tanto tiempo, conste se obró con bastante comisión. Así lo prohibí, mandé y firmé, yo el capitán Pedro Jovel de Losada, alcalde ordinario de dicha villa, con asistencia del señor vicario Esteban Mejía de Toro y muy reverendo padre y maestro Fray Francisco Romero, comisario por su majestad de dicha misión, quienes lo firmaron conmigo, y de testigos, por falta de escribanos de su Majestad. Pedro Jovel de Losada, Esteban Mejía de Toro, Fray Francisco Romero, don Diego de Paniagua, don Miguel de Triana, don Pedro Carvajal y Rojas.
Yo, el capitán Pedro Jovel de Losada , alcalde ordinario de esta villa de Timaná, sus términos y jurisdicción por su majestad hice sacar y saqué este traslado de su original, asiento verdadero , corregido y concertado, concuerda con el original a que en lo necesario me asiento y así lo certifico en cuanto puedo y lo afirmo, actuando ante mí por falta de escribano de su Majestad de esta villa de Timaná en veinte y dos (22) de diciembre de mil seiscientos noventa y seis (1696), siendo testigos los que van firmando, Pedro Jovel de Losada, don Pedro Carvajal y Ramos, Marcos de Rojas y don Antonio Esparta.
En el año de 1716, los señores Luis Ortega Sotomayor y María Otero Losada, propietarios de las tierras, reunieron nuevamente a los indígenas y les hicieron donación de estos territorios de Naranjal. En 1863, el Estado Soberano del Tolima, por Ley 21 de febrero, le dio al Naranjal el carácter de aldea y la autonomía de municipio, siendo su primer alcalde el señor Cayetano Mamián, seguido por Ángel María Calderón y otros que con el transcurso del tiempo se fueron sucediendo. El 29 de febrero de 1884, Naranjal es erigida como viceparroquia administrativa por el presbítero Esteban Rojas y dependiente de Timaná. En 1887 es iniciada la construcción del templo por el padre Esteban Rojas, con un diseño circular, como pocos en Colombia e insólito en la época, poniendo resistencia a esta construcción ingenieros colombianos y extranjeros; pero Rojitas, como le decían cariñosamente, lo que se proponía lo hacía. El 7 de abril de 1914 son donados a la Santísima Trinidad de Naranjal, por la señora Bárbara Vargas de Vargas, mediante testamento, las fincas de “Pericongo”, “Garabatos y Dinero”, la mitad de “Las Lajas”; y ordena que 50 reses y 10 yeguas sean invertidas en la terminación del templo. El 2 de abril de 1920 es erigido en parroquia el caserío de Naranjal y designan como primer párroco al presbítero Silvestre Vargas, quien dedicó todo su interés a la terminación del templo, que se había iniciado el siglo pasado. El 1 de noviembre de 1929 es bendecido el insólito templo por el presbítero Pío Perdomo Lara, según autorización del obispo de Garzón, en la fiesta de todos los santos, a los 231 años de su fundación por los misioneros Fray Francisco Romero, Fray José Gaviria, Fray Juan de Torres, Fray Sebastián de la Virgen de la O, Fray Sebastián Bejarano y al amparo de don Pascual Ramos gobernador de los Tamas; a los 42 años de puesta la primera piedra del templo y a los 35 años de haber celebrado la primera misa sobre los muros aún inconclusos del templo, por Monseñor Esteban Rojas, con el auxilio amoroso de la santísima Trinidad y San Esteban patrono; y con el apoyo de los padres Juan Bautista Tuniga y Silvestre Vargas.
El proceso de poblamiento de esta región se dio en la época de la conquista. Los españoles que llegaron vieron que estas tierras que pertenecieron a la Gaitana eran fértiles y en ellas organizaron sus haciendas, para lo cual utilizaron mano de obra indígena a quienes sometían en calidad de esclavos. Como la población nativa había sido desplazada y aniquilada por el mal trato y las enfermedades, los propietarios de estas tierras trajeron mano de obra indígena del Caquetá, perteneciente a la familia de los Tamas, que habitaban las orillas del río Caguán. En el siglo XVII el misionero Fray Francisco Romero reunió en la parte baja de Naranjal unos pocos indios de algunas haciendas de Tarqui y La Jagua con los de acá para catequizarlos, escogiendo este sitio como estratégico para evitar su dispersión.
Al dividirse el estado del Tolima y crear el Huila (1905); en el año de 1936, la Asamblea dictó la ordenanza No. 30, quitándole a Naranjal la categoría de municipio, declarándolo en el corregimiento con anexión al municipio de Timaná. En el año de 1950 se le dio el carácter de Inspección Departamental, con anexión a Altamira. En el año de 1967, por orden de la gobernación, volvió Naranjal a hacer parte del municipio de Timaná, hasta la fecha; y por orden de la misma gobernación por Decreto No. 721950 de febrero 15 se repartió y se situaron los límites de desmembración de Naranjal para Altamira y Timaná.
Al principiar la administración municipal, Naranjal tuvo la dirigencia en primer término por Cayetano Mamián y luego Ángel María Calderón. Vino luego otra generación representada por Gregorio Calderón, Manuel Antonio Gasca, Epimenio Calderón y otros. Viene otra generación y la administran prestantes ciudadanos que han hecho historia como Maximino Cano, Carmelo Murcia, Aureliano Chicué y Genero Calderón. Luego viene otra generación y la componen Carlos Julio Calderón, quien fue maestro de García Márquez; Jorge Osorio, contralor del departamento en los años de 1950 y 1951, Maximino Cano, el hombre que llevó la representación en todo lo que sucediera en bien y en contra de Naranjal, defendiéndolo ante
